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today ADF Paris Nov. 23, 2016

conférence en direct ADF Paris 2016 · 23 novembre 24 2. Theves C, Senescau A, Vanin S, Keyser C, Ricaut FX, Alekseev AN, et al. Molecular iden- tification of bacteria by total sequence scree- ning: determining the cause of death in an- cient human subjects. PLoS One. 2011; 6(7):e21733. La spectrométrie de masse MALDI-TOF : intérêt dans le suivi des bactéries au sein d’un modèle de biofilm D. Nguyen-Lopez, A. Ducourneau, M. Saint-Marc, O. Claisse, E. Bessède, F. Mégraud, C. Badet, J. Samot* L’écosystème buccal abrite plus de 700 es- pèces bactériennes dont l’identification semble indispensable, en particulier dans la compré- hension de leur implication dans les différentes pathologies buccales. Cette identification peut faire appel à de nombreuses méthodes phénoty- piques parfois longues et souvent peu sensibles ou génotypiques coûteuses et pas toujours suffi- samment précises. Au sein de notre laboratoire, un modèle de biofilm oral (certes simplifié mais pluri-espèces) a été développé. Il nous paraissait donc indispensable de mettre en routine, une méthode rapide et sensible de suivi de ce bio- film. Certains travaux l’ont prouvé, une solution attractive pourrait être apportée par la spectro- métrie de masse de type MALDI-TOF (SM-MT). Basée sur l’empreinte moléculaire des bactéries, elle permettrait d’identifier rapidement une bactérie isolée du modèle de biofilm. L’objectif de ce projet était donc double : – D’une part, comparer des identifications obtenues par méthodes phénotypiques à des identifications obtenues par séquençage et MS-MT, – D’autre part, faciliter le suivi des espèces per- sistantes dans le temps dans notre modèle de biofilm et observer l’impact de ce biofilm et des modifications de son environnement sur le métabolisme des bactéries le constituant. Dans un premier temps, pour vérifier la concordance des identifications, une centaine de souches bactériennes de la souchothèque de notre équipe, isolées de la salive et préalable- ment identifiées uniquement par méthodes phé- notypiques (observation en microscopie op- tique et étude du métabolisme bactérien), ont été remises en culture pour comparer les identi- fications préliminaires à celles obtenues par sé- quençage de l’ADNr 16S et celles obtenues par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Fi- gure). Dans un second temps, pour vérifier si cette concordance se maintenait au sein d’un biofilm pluri-espèces, nous avons appliqué sur notre Ingénierie Tissulaire dédiée à la Santé Orale. Jean Philippe Gatignol (Pierre Fabre Oral Care) Depuis 3 ans, Pierre Fabre Oral Care interna- lise et développe une activité en Ingénierie Tissulaire dédiée Oral Care (ITOC). Basée sur le site de Langlade à Toulouse au sein de l’Institut de Recherche et Développe- ment Pierre Fabre (IRPF), l’ITOC bénéficie des installations et expertise des laboratoires de pharmacologie tissulaire et cellulaire de Pierre Fabre Dermo-Cosmétique. Cette proximité permet une mutualisation des compétences et la mise à disposition d’un plateau technique de pointe dans les domaines de la bio- logie cellulaire, de la biologie moléculaire, de la biochimie, de l’histologie et de la microscopie. L’activité «ITOC» se concentre sur les tissus mous: gencive et muqueuse. Différents modèles d’études pharmacologiques cellulaire et tissu- laire sont en cours de développement dans les domaines de l’inflammation, le vieillissement et la cicatrisation. A partir d’explants gingivaux humains, les cultures cellulaires (kératinocytes, fibroblastes) monocouches (2D) (Figure 1) et des tissus re- construits (3D) sont élaborés. Cette activité a pour objectifs de participer à la vie du produit (dentifrice, bain de bouche, gel, spray…) de son stade le plus précoce (identifica- tion des actifs/ingrédients) à l’évaluation de l’ef- ficacité in vitro de la formule finie. Quelques exemples/résultats seront présen- tés lors de la conférence. modèle de biofilm dynamique les 3 axes d’iden- tification (phénotypique, séquençage de l’ADNr 16S et spectrométrie de masse). Concernant la première phase de notre étude, nous avons constaté une assez bonne concordance entre les identifications réalisées par séquençage et celles réalisées par SM-MT. Par contre, il y a eu des différences évidentes avec certaines des identifications phénoty- piques. La deuxième partie de notre étude a souli- gné : – Les avantages de la spectrométrie de masse notamment son utilité dans la détection pré- coce des problèmes de contamination, – Ses limites : intérêt moindre dans la détection des bactéries au sein d’un biofilm pluri-es- pèces et absence de vraie possibilité de suivi; nécessité de ré-isolement des bactéries en culture pure, voire d’extraction des protéines bactériennes, pour avoir une identification correcte … *E-mail : johan.samot@u-bordeaux.fr Références : 1. Identification of Campylobacter species and re- lated organisms by matrix assisted laser de- sorption ionization–time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. Bessède, E et al. Clin Mi- crobiol Infect 11 (2011): 1735-1739 2. MALDI-TOF mass spectrometry for early iden- tification of bacteria grown in blood culture bottles. Zabbe, JB et al. J Microbiol Methods (2015).

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